De kapel van het gebouw is nog duidelijk als religieuze kapel herkenbaar. De glas-in-loodramen zijn van Heinrich Geuer. In sommige ramen zijn taferelen uit het leven van Johannes de Deo te herkennen. Aan weerszijden van het orgel bevinden zich twee ramen met daarop een afbeelding van St Caecilia achter het orgel. Dit raam is gedateerd en gesigneerd. Op het andere raam is Paus Gregorius de Grote afgebeeld, naar wie het Gregoriaans is genoemd.

Maarschalkerweerd bouwde in 1898 een klein orgel voor de kapel van het ziekenhuis Sint Johannes de Deo. Het orgel was aan het ziekenhuis geschonken door A.M.H.A. van Rooyen en J.A.G. Wessels. Toen dit ziekenhuis in 1971 in gebruik werd genomen door het conservatorium, werd dat orgel verkocht aan de Sint Antonius Abtkerk in Loo (gemeente Duiven, Gelderland).

Vervolgens bouwde Van Vulpen een nieuw orgel voor deze kapel. Hiervoor werd de orgelgalerij een meter lager gemaakt. Het orgel is in gebruik als studieinstrument, en er worden ook concerten op gegeven. Het heeft twee rugpositieven. Adviseurs bij de bouw waren Nico van den Hooven, Kees van Houten, Theo Teunissen en Jan Welmers, de orgeldocenten van het Conservatorium. Op 12 januari 1974 werd het instrument in gebruik genomen.